Statut juridique du médecin libéral : micro-BNC, EI, SEL, SCP… que choisir ?

S'installer en libéral est une étape importante dans la carrière d'un médecin. Le choix du statut juridique ne se limite pas à une formalité administrative : il influence votre fiscalité, vos charges, votre protection sociale, votre mode d'exercice et les possibilités d'évolution de votre activité.

Entre le micro-BNC, l'entreprise individuelle (EI), les différentes formes de Société d'Exercice Libéral (SEL) ou encore la Société Civile Professionnelle (SCP), il n'est pas toujours facile de savoir quelle structure correspond le mieux à son projet.

Dans ce guide, nous vous aidons à comprendre les principales différences entre ces statuts afin d'identifier celui qui est le plus adapté à votre mode d'exercice et à vos perspectives d'évolution.

Article mis à jour en juillet 2026. Les informations réglementaires, fiscales et les seuils mentionnés dans cet article correspondent aux données disponibles à cette date. Ils sont susceptibles d'évoluer. En cas de doute, nous vous recommandons de consulter les sources officielles (Service Public, Assurance Maladie, Ordre des médecins...) ou de solliciter un expert-comptable ou un juriste.

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En résumé

• Le micro-BNC peut convenir à une activité ponctuelle, de remplacement ou de démarrage, mais il atteint rapidement ses limites lorsque les charges augmentent.
• L'entreprise individuelle en BNC réels est souvent adaptée à un exercice libéral individuel avec des charges professionnelles importantes à déduire.
• Les différentes formes de Société d'Exercice Libéral (SEL) permettent de structurer une activité en société et de développer un projet collectif.
• La Société Civile Professionnelle (SCP) reste une possibilité pour exercer à plusieurs, même si elle offre généralement moins de souplesse que les SEL.
• Le choix du statut juridique doit être réfléchi en tenant compte de votre projet d'exercice, de votre secteur conventionnel, de vos honoraires, de votre protection sociale et de vos perspectives d'évolution. Il est fortement recommandé de le valider avec un expert-comptable ou un juriste spécialisé.

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Statut juridique, régime fiscal et secteur conventionnel : ne pas tout confondre

Avant de comparer les différents statuts, il est important de distinguer plusieurs notions qui sont souvent confondues. Pourtant, elles répondent à des questions différentes et n'ont pas les mêmes conséquences sur votre exercice.

Le statut juridique

Le statut juridique correspond à la forme sous laquelle vous exercez votre activité. Vous pouvez exercer en votre nom propre, par exemple en entreprise individuelle, ou créer une société comme une SEL ou une SCP lorsque votre projet le justifie.

Ce choix influence notamment votre organisation, votre responsabilité, votre mode de rémunération et les possibilités de vous associer avec d'autres professionnels.

Le régime fiscal

Le régime fiscal détermine la manière dont vos revenus professionnels sont imposés.

En fonction de votre statut juridique et de votre situation, plusieurs régimes peuvent s'appliquer. À titre d'exemple :

• le micro-BNC, qui prévoit un abattement forfaitaire sur votre chiffre d'affaires et s'adresse aux activités respectant certains seuils ;
• la déclaration contrôlée (BNC réels), qui permet de déduire les charges professionnelles réellement engagées ;
• dans certaines sociétés, comme certaines formes de SEL, l'activité peut également relever de l'impôt sur les sociétés (IS), selon les modalités retenues.

Le secteur conventionnel

Le secteur conventionnel est encore un autre sujet. Il détermine les conditions dans lesquelles vous fixez vos honoraires et le niveau de remboursement de vos patients par l'Assurance Maladie.

Le choix entre le secteur 1, le secteur 2 ou le secteur 3 est indépendant de votre statut juridique, même si ces décisions participent toutes à l'équilibre économique de votre activité.

💡À lire aussi : Secteur 1, secteur 2 ou secteur 3 : bien choisir dès sa première installation.

Des décisions différentes, mais étroitement liées

En pratique, ces choix ne doivent pas être réfléchis séparément. Le statut juridique, le régime fiscal, le secteur conventionnel, les charges professionnelles et votre protection sociale contribuent ensemble à définir votre modèle d'exercice.

Avant de vous installer, il est donc préférable d'avoir une vision globale de votre projet afin de choisir une organisation cohérente avec votre activité actuelle, mais aussi avec son évolution dans les années à venir.

💡À lire aussi : Mutuelle, prévoyance et protection sociale des professionnels de santé libéraux.

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Le micro-BNC

Le régime micro-BNC est apprécié pour sa simplicité administrative. Il peut constituer une solution intéressante lorsque vous débutez une activité libérale, effectuez des remplacements ou exercez en complément d'une activité salariée, par exemple à l'hôpital.

En contrepartie, ce régime présente certaines limites qui peuvent rapidement devenir contraignantes à mesure que votre activité se développe.

Dans quels cas le micro-BNC peut-il être adapté ?

Le micro-BNC peut être pertinent si vous :

• effectuez principalement des remplacements ;
• développez progressivement une activité libérale en parallèle d'un exercice hospitalier ;
• souhaitez tester l'exercice libéral avant une installation à temps plein ;
• avez peu de charges professionnelles.

Son principal avantage réside dans la simplicité de gestion. Les obligations comptables sont allégées et vous déclarez directement votre chiffre d'affaires à l'administration fiscale.

À titre indicatif, pour les revenus perçus en 2026, le régime micro-BNC est accessible sous certaines conditions lorsque le chiffre d'affaires annuel hors taxes ne dépasse pas 83 600 €, selon les informations publiées par Service Public Entreprendre. Ce plafond étant susceptible d'évoluer, il est recommandé de vérifier les seuils applicables au moment de votre installation auprès des sources officielles.

Les avantages du micro-BNC

Le micro-BNC présente plusieurs atouts pour les médecins qui démarrent une activité libérale :

• des démarches administratives simplifiées ;
• une comptabilité allégée par rapport au régime de la déclaration contrôlée ;
• un calcul simplifié du bénéfice imposable grâce à un abattement forfaitaire représentatif des charges, sans avoir à justifier chaque dépense.

Ce fonctionnement permet de consacrer davantage de temps au développement de son activité, tout en limitant la charge administrative au début de l'exercice.

Les limites à anticiper

Si le micro-BNC est simple à gérer, il devient souvent moins intéressant lorsque l'activité prend de l'ampleur.

En effet, ce régime ne permet pas de déduire vos charges professionnelles réelles. Loyer du cabinet, matériel médical, logiciels, assurances, frais de déplacement, secrétariat ou encore cotisations professionnelles ne sont pas pris en compte individuellement dans le calcul de votre bénéfice imposable.

Or, ces dépenses représentent souvent une part importante du budget d'un médecin libéral, notamment lors d'une première installation.

Lorsque votre activité devient plus régulière ou que vos investissements augmentent, le régime de la déclaration contrôlée (BNC réels) est souvent plus adapté, car il permet de déduire l'ensemble des charges professionnelles éligibles.

💡À noter : le choix du régime fiscal dépend de votre situation personnelle et de votre projet d'exercice. Il est recommandé de le valider avec un expert-comptable avant de vous installer.

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L'entreprise individuelle en BNC réels

L'entreprise individuelle (EI) au régime de la déclaration contrôlée, aussi appelé BNC réels, est l'un des cadres les plus fréquemment choisis par les médecins qui exercent seuls en libéral. Elle offre davantage de souplesse que le micro-BNC dès lors que l'activité devient régulière ou que les charges professionnelles augmentent.

Exercer en son nom propre

En entreprise individuelle, vous exercez en votre nom propre, sans créer de société. Vous percevez directement les revenus de votre activité et êtes imposé dans la catégorie des Bénéfices Non Commerciaux (BNC).

Ce statut reste relativement simple à mettre en place tout en offrant un cadre adapté à un exercice libéral à temps plein.

Déduire ses charges professionnelles

Contrairement au micro-BNC, le régime des BNC réels permet de déduire les dépenses engagées dans le cadre de votre activité, sous réserve qu'elles soient justifiées et nécessaires à l'exercice de votre profession.

Il peut notamment s'agir :

• du loyer et des charges de votre cabinet ;
• de l'achat ou du renouvellement de matériel médical et informatique ;
• des logiciels métiers ;
• des frais de secrétariat ;
• des assurances professionnelles ;
• des frais de déplacement liés à votre activité ;
• de certaines cotisations professionnelles.

Certains investissements peuvent également être amortis sur plusieurs années, conformément aux règles comptables en vigueur.

Cette possibilité de déduire les charges réelles rend généralement ce régime plus avantageux lorsque les dépenses professionnelles deviennent significatives.

Une comptabilité plus complète

En contrepartie, ce régime implique des obligations comptables plus importantes que le micro-BNC. Les professionnels relevant du régime de la déclaration contrôlée doivent notamment tenir un livre-journal retraçant leurs recettes et leurs dépenses, ainsi qu'un registre des immobilisations et des amortissements, conformément aux obligations précisées par Service Public Entreprendre. 

Pour cette raison, de nombreux médecins choisissent de se faire accompagner par un expert-comptable afin de sécuriser leurs déclarations et de gagner du temps dans la gestion administrative de leur activité.

Pour quel profil ce statut est-il adapté ?

L'entreprise individuelle en BNC réels est souvent pertinente si vous :

• vous installez seul en libéral ;
• exercez votre activité à temps plein ;
• supportez des charges professionnelles importantes ;
• souhaitez pouvoir déduire vos dépenses réelles.

Elle constitue fréquemment une étape naturelle après une activité de remplacement exercée sous le régime du micro-BNC, lorsque l'activité se développe et que les besoins évoluent.

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Exercer en société : SELARL, SELAS ou SCP ?

Lorsque plusieurs médecins souhaitent exercer ensemble ou structurer leur activité sur le long terme, la création d'une société peut constituer une solution adaptée. Elle permet notamment d'organiser les relations entre associés, de définir des règles de fonctionnement communes et d'anticiper l'évolution de la structure.

Le choix entre une Société d'Exercice Libéral (SEL) et une Société Civile Professionnelle (SCP) dépend avant tout du projet, du mode d'organisation souhaité et des objectifs de développement. Chaque forme juridique présente des spécificités en matière de gouvernance, de fiscalité, de protection sociale ou encore de transmission.

Il est donc recommandé d'étudier ces différents paramètres avec un expert-comptable ou un juriste avant de créer une société.

La SEL

La Société d'Exercice Libéral (SEL) permet aux professionnels exerçant une profession libérale réglementée, comme les médecins, d'exercer leur activité sous la forme d'une société de capitaux. Ce cadre est prévu par la réglementation afin de répondre aux besoins spécifiques des professions de santé.

La SEL peut être pertinente lorsque vous souhaitez :

• exercer à plusieurs médecins ;
• organiser la gouvernance de votre structure ;
• préparer le développement ou la transmission de votre activité ;
• distinguer plus clairement l'organisation de la société de votre exercice professionnel.

Il existe plusieurs formes de SEL, dont les plus courantes sont la SELARL et la SELAS. Elles poursuivent le même objectif, mais présentent des différences de fonctionnement qu'il est important de connaître avant de faire son choix.

💡À noter : créer une SEL implique des démarches juridiques, comptables et fiscales plus complexes qu'une entreprise individuelle. Un accompagnement par un expert-comptable et, selon les situations, un juriste est généralement recommandé.

SELARL ou SELAS : quelles différences ?

La SELARL et la SELAS poursuivent le même objectif : permettre à des professionnels de santé d'exercer leur activité au sein d'une société. En revanche, leur fonctionnement diffère sur plusieurs points.

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En pratique, le choix dépend notamment :

• du nombre d'associés ;
• du mode de gouvernance souhaité ;
• des modalités de rémunération envisagées ;
• des perspectives de développement ou de transmission de la société.

Ces éléments ayant des conséquences juridiques, fiscales et sociales importantes, il est recommandé d'étudier les différentes options avec un professionnel avant de constituer une société.

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La SCP

La Société Civile Professionnelle (SCP) permet également à plusieurs médecins d'exercer ensemble. Contrairement à la SEL, il s'agit d'une société civile spécifiquement destinée à l'exercice en commun d'une profession libérale réglementée.

La SCP peut convenir à des professionnels qui souhaitent mutualiser leur activité tout en partageant l'exercice de leur profession au sein d'une même structure.

Elle présente toutefois un fonctionnement différent de celui des SEL, notamment en matière de responsabilité des associés et d'organisation de la société. Selon les projets, elle peut donc être moins adaptée que les différentes formes de SEL, en particulier lorsque les associés recherchent davantage de souplesse dans la gouvernance ou souhaitent faire évoluer plus facilement leur structure.

Comme pour toute création de société, le choix entre une SCP et une SEL doit être apprécié au regard de votre projet d'exercice, de votre mode d'association et de vos perspectives de développement.

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Tableau comparatif des principaux statuts du médecin libéral

Chaque statut répond à des besoins différents. Le tableau ci-dessous vous permet d'identifier rapidement les principales caractéristiques de chaque option.

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Ce tableau constitue un premier repère, mais il ne remplace pas une analyse personnalisée. Le statut le plus adapté dépend de nombreux paramètres : votre volume d'activité, vos charges, votre protection sociale, votre souhait de vous associer ou encore vos perspectives de développement.

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Comment choisir votre statut selon votre projet d'exercice ?

Il n'existe pas de statut juridique adapté à tous les médecins. Le bon choix est avant tout celui qui correspond à votre mode d'exercice aujourd'hui, tout en restant cohérent avec vos projets des prochaines années.

Vous effectuez des remplacements ou débutez une activité libérale

Si vous réalisez principalement des remplacements ou développez progressivement une activité libérale en parallèle d'un poste salarié, le micro-BNC peut constituer un bon point de départ.

Sa gestion simplifiée permet de limiter les contraintes administratives lorsque l'activité reste occasionnelle ou génère peu de charges. En revanche, si votre exercice se développe rapidement, il peut devenir pertinent d'envisager un autre régime fiscal.

Vous vous installez seul à temps plein

Pour un médecin qui ouvre son propre cabinet et assume des charges importantes (local, matériel, logiciels, secrétariat, assurances…), l'entreprise individuelle au régime des BNC réels est souvent une solution adaptée.

La possibilité de déduire les dépenses professionnelles permet de mieux prendre en compte le coût réel de l'activité. Ce régime s'accompagne toutefois d'obligations comptables plus importantes, d'où l'intérêt de se faire accompagner par un expert-comptable.

Vous souhaitez vous associer

Lorsque plusieurs médecins souhaitent exercer ensemble, la création d'une SEL ou, dans certains cas, d'une SCP, peut offrir un cadre plus adapté.

Au-delà des aspects fiscaux, il est important d'anticiper la gouvernance de la société, la répartition des responsabilités, les modalités d'entrée ou de sortie d'un associé et les perspectives d'évolution de la structure.

Ces éléments doivent être définis dès la création de la société afin d'éviter d'éventuelles difficultés par la suite.

Vous rejoignez une structure pluridisciplinaire

Intégrer une structure de santé ne signifie pas nécessairement adopter un statut juridique particulier.

Selon les organisations, vous pouvez exercer en entreprise individuelle ou au sein d'une société. Il est donc important de distinguer votre statut juridique personnel du mode d'organisation de la structure qui vous accueille.

Avant de rejoindre une maison de santé, un cabinet de groupe ou un espace de santé pluridisciplinaire, prenez le temps de comprendre les conditions d'exercice proposées : modalités de collaboration, répartition des charges, services inclus, conditions de sortie ou encore fonctionnement administratif.

Vous souhaitez conserver une activité hospitalière

Il est tout à fait possible, dans certaines situations, de cumuler une activité hospitalière et un exercice libéral. Le choix du statut dépendra notamment du volume d'activité libérale envisagé, de votre situation professionnelle et du cadre réglementaire applicable.

Avant de vous installer, assurez-vous également que ce cumul est compatible avec votre contrat d'exercice et les règles déontologiques de votre profession.

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Statut juridique et protection sociale : ce qu'il faut anticiper

Le choix de votre statut juridique ne se limite pas à des considérations fiscales ou administratives. Il peut également avoir un impact sur votre protection sociale, notamment en matière de cotisations, de retraite, de prévoyance ou encore d'indemnisation en cas d'arrêt de travail.

Ces conséquences varient selon votre statut, votre mode de rémunération et votre situation personnelle. C'est pourquoi il est préférable de ne pas choisir une structure uniquement pour ses avantages fiscaux apparents.

Avant de vous installer, prenez également le temps d'évaluer vos besoins en matière de :

• couverture en cas d'arrêt de travail ;
• prévoyance (invalidité, décès) ;
• retraite ;
• protection de votre famille.

Ce travail doit être mené conjointement avec votre réflexion sur le statut juridique afin de construire un modèle d'exercice cohérent et pérenne.

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Statut juridique, honoraires et secteur conventionnel : des choix à penser ensemble

Le statut juridique ne détermine pas, à lui seul, les honoraires que vous pourrez pratiquer.

Ceux-ci dépendent notamment de votre secteur conventionnel, des actes que vous réalisez, de votre spécialité et des règles conventionnelles applicables.

En revanche, votre statut, vos charges professionnelles et votre secteur conventionnel influencent ensemble l'équilibre économique de votre activité.

Par exemple, un médecin qui prévoit d'importants investissements (cabinet, matériel, secrétariat, logiciels…) n'aura pas les mêmes besoins qu'un confrère exerçant principalement en remplacement ou en activité complémentaire.

Au moment de choisir votre statut, il est donc utile de réfléchir simultanément :

• à votre secteur conventionnel ;
• à votre niveau de charges ;
• à vos honoraires prévisionnels ;
• au lieu où vous souhaitez exercer ;
• à votre organisation quotidienne.

Ces différents paramètres participent tous à la viabilité de votre projet d'installation.

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Les erreurs fréquentes au moment de choisir son statut juridique

Le choix d'un statut juridique est une décision structurante qui mérite d'être anticipée. Voici quelques erreurs fréquentes que vous pouvez éviter.

• Choisir le micro-BNC uniquement pour sa simplicité, sans tenir compte des limites liées aux charges professionnelles.
• Créer une société trop tôt, alors qu'un exercice individuel répond encore aux besoins de votre activité.
• Se concentrer uniquement sur la fiscalité, sans prendre en compte la protection sociale ou les perspectives d'évolution.
• Négliger le coût réel de son installation, notamment les dépenses liées au local, au matériel, aux logiciels ou au secrétariat.
• Confondre le statut juridique avec le secteur conventionnel ou le mode d'exercice au sein d'une structure.
• Reproduire le statut choisi par un confrère, alors que chaque projet professionnel est différent.
• Attendre les dernières semaines avant l'installation pour solliciter un expert-comptable ou un juriste.

Prendre le temps de préparer votre projet en amont vous permettra de faire un choix plus adapté à votre situation et d'éviter certaines difficultés lors du démarrage de votre activité.

💡À lire aussi : Les erreurs fréquentes lors de l'installation en libéral et comment les éviter.

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Checklist : les questions à vous poser avant de choisir votre statut

Avant de prendre votre décision, prenez quelques minutes pour faire le point sur votre projet.

Votre activité

• Mon activité sera-t-elle ponctuelle, complémentaire ou exercée à temps plein ?
• Vais-je exercer seul ou avec d'autres professionnels de santé ?

Mon modèle économique

• Mes charges professionnelles seront-elles faibles ou importantes ?
• Devrai-je investir dans un cabinet, du matériel ou des logiciels ?
• Mon chiffre d'affaires prévisionnel est-il compatible avec le régime du micro-BNC ?

L'évolution de mon projet

• Ai-je prévu de m'associer à moyen terme ?
• Mon statut me permettra-t-il de faire évoluer facilement mon activité ?

Ma protection

• Ai-je évalué les conséquences de mon choix sur ma protection sociale ?
• Ai-je échangé avec un expert-comptable ou un juriste avant de prendre ma décision ?

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Rejoindre un cadre structuré : une autre manière de penser son installation libérale

Le choix du statut juridique reste une décision personnelle, qui doit être validée avec un expert-comptable ou un juriste en fonction de votre situation.

En revanche, le cadre dans lequel vous exercez influence directement votre quotidien : organisation administrative, charges, coordination avec d'autres professionnels de santé ou encore équilibre entre temps médical et gestion du cabinet.

Chez Sorella, nous proposons des espaces de santé pluridisciplinaires dédiés à la santé de la femme, où les professionnels de santé exercent dans un environnement déjà structuré. Selon les opportunités de recrutement, certains médecins peuvent y développer leur activité libérale tout en bénéficiant d'un accompagnement sur les aspects organisationnels de leur installation.

L'objectif n'est pas de choisir votre statut juridique à votre place, mais de vous permettre d'exercer dans un cadre qui vous laisse davantage de temps pour votre pratique médicale.

Vous réfléchissez à votre projet d'installation ?

Découvrez nos espaces de santé, consultez nos offres destinées aux médecins ou échangez avec notre équipe pour mieux comprendre les modalités d'exercice proposées par Sorella.

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FAQ

Quel statut juridique choisir pour un médecin libéral ?

Il n'existe pas de statut unique adapté à tous les médecins. Le choix dépend notamment de votre mode d'exercice, de vos charges professionnelles, de votre souhait de vous associer, de vos revenus prévisionnels et de vos perspectives d'évolution. Un échange avec un expert-comptable est fortement recommandé avant toute installation.

Le micro-BNC est-il adapté à un médecin libéral ?

Le micro-BNC peut convenir à une activité de remplacement, de démarrage ou exercée en complément d'un poste salarié. En revanche, il devient souvent moins adapté lorsque les charges professionnelles sont importantes ou que l'activité se développe.

Quelle différence entre le micro-BNC et les BNC réels ?

Le micro-BNC applique un abattement forfaitaire pour tenir compte des charges professionnelles, sans permettre leur déduction réelle. À l'inverse, le régime de la déclaration contrôlée (BNC réels) permet de déduire les dépenses professionnelles éligibles, en contrepartie d'obligations comptables plus importantes.

Quelle différence entre une SELARL et une SELAS ?

La SELARL et la SELAS sont deux formes de Société d'Exercice Libéral réservées aux professions libérales réglementées. Elles se distinguent notamment par leurs modalités de gouvernance, le régime social du dirigeant et leur fonctionnement. Le choix dépend du projet des associés et mérite d'être étudié avec un professionnel.

Un médecin peut-il exercer en société ?

Oui. Les médecins peuvent notamment exercer au sein d'une Société d'Exercice Libéral (SEL) ou d'une Société Civile Professionnelle (SCP), sous réserve de respecter les règles applicables à leur profession. Le choix de la structure dépend du projet d'exercice et du mode d'association envisagé.

Quel statut choisir pour cumuler une activité hospitalière et libérale ?

Il n'existe pas de réponse unique. Le choix dépend notamment du volume de votre activité libérale, de votre contrat d'exercice à l'hôpital et du cadre réglementaire applicable. Il est recommandé de se renseigner avant de débuter ce cumul et de consulter notre article dédié.

Le statut juridique influence-t-il la protection sociale ?

Oui. Selon le statut choisi et votre mode de rémunération, les cotisations et certains aspects de votre protection sociale peuvent varier. Il est donc préférable d'intégrer cette réflexion dès la préparation de votre projet d'installation.

Faut-il se faire accompagner pour choisir son statut ?

Oui. Le choix du statut juridique a des conséquences fiscales, sociales, comptables et organisationnelles importantes. Il est fortement recommandé de solliciter un expert-comptable ou un juriste afin de retenir la solution la plus adaptée à votre projet.

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